Директора национальных парков противозаконно взимали плату за пребывание в парке.

Карельская природоохранная прокуратура выявила нарушения федерального законодательства в национальном парке «Паанаярви» и  национальном парке «Водлозерский». По сообщению прокуратуры, здесь на основании незаконно изданного приказ и утвержденного прейскуранта с граждан взималась плата за фактическое нахождение на территории нацпарка. После протеста надзорного органа приказ отменен.

Также установлено, что на территории национального парка «Паанаярви» в водоохранных зонах без очистительных сооружений работают девять бань. В суд направлено исковое заявление с требованием обязать руководство нацпарка оборудовать бани очистными сооружениями.

Кроме этого, в 2009 году  по приказу руководства нацпарка были утверждены Правила вылова водных биологических ресурсов, противоречащие федеральному законодательству.

Сейчас пять должностных лица НП «Водлозерский и НП «Паанаярви» привлечены к дисциплинарной ответственности.